"Tool" grubunun vokalisti Maynard James Keenan, "The Smashing Pumpkins", "Nine Inch Nails", "Fishbone" ve "Tool" gibi gruplarda gitar teknisyenliği yapan Billy Howerdel’a "Bir grup kuralım mı?" demesi üzerine oluşan A Perfect Circle (Bir Muhteşem Çember: Gruptaki arkadaşlık çemberini temsil ediyormuş.), ilk olarak kadroda davulcu Josh Freese(Vandals), gitarist Troy Van Leeuwen(Failure), basçı Paz Lenchantin’i barındırıyordu.

Mayıs 2000’de prodüktörlüğünü Billy Howerdel’in üstlendiği ilk albüm "Mer de Noms"’u yayınlayan A Perfect Circle, Billboard listelerinde 4. sıraya kadar çıktı. Albümden "3 Libras", "Judith" ve "The Hollow" single olarak çıkarılmış, "Judith" Modern Rock Listelerinde 5. sıraya kadar çıkmıştır.

Troy Van Leeuwen’in "Queens Of The Stone Age"’e, basçı Paz Lenchantin’in Billy Corgan’ın yeni grubu "Zwan"’a transfer olması ile bu kadrolara eleman aramaya başlayan grup, "Smashing Pumpkins" gitaristi James Iha’yı ve Marilyn Manson basçısı Twiggy Ramirez’i renklerine bağlamayı başardı ve ikinci albümlerinin çalışmalarına başladı.

Eylül 2003 tarihinde ikinci albüm "Thirteenth Step" yayınlandı. Albüm Amerika listelerinde 2 numara olmayı başardı. Albümden çıkan single’lar, "Weak and Powerless", "The Outsider", "Blue" olarak belirlenmiş, "Weak and Powerless" Modern Rock Listelerinde 1. sıraya çıkmıştı.

“Resident Evil: Apocalypse” ve "Underworld" filmlerinin soundtrack’lerine katkıda bulunan grup, Kasım 2004 tarihinde 3. stüdyo albümleri "eMOTIVe"’yi yine Billy Howerdel prodüktörlüğünde yayınlandı. Albümde John Lennon ve Joni Mitchell gibi isimlerin savaş karşıtı şarkılarını yeniden yorumladılar. Listelerde 2. sıraya kadar yükselen albüme, grubun eski basçısı Paz Lenchantin piyano ile eşlik etti. Albümden çıkan single’lar ise "Imagine" ve "Passive" olarak belirlendi.

Yine aynı sene derleme albüm “aMOTION”’u piyasaya sürdüler. Albüm ilk üç albümdeki parçaların remix’leri içerirken, albümün yanında verilen DVD daha önce yayınlanmış kliplerinin yanında, yayınlanmamış klipleri de barındırıyordu.